El Congreso Nacional de Estudiantes de Bioquímica y Carreras Afines se realiza una vez al año, normalmente entre los meses de julio y agosto en el periodo de vacaciones de invierno de los estudiantes. Este es organizado por una de las filiales que componen la asociación; se rota la actividad para que 1 año sea organizado por una filial de la Región Metropolitana y el siguiente sea realizado por alguna filial fuera de esta.

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    El congreso consiste en diferentes charlas magistrales y charlas en paralelo dictadas por reconocidos profesionales del área científica en diversos ámbitos, quienes presentan su investigación y responden las dudas que surjan de la audiencia. Durante el congreso también se realizan otras actividades como talleres, “Ciencia en tus manos”, visitas a laboratorios, empresas y ferias científicas donde se presentan variadas empresas y algunas universidades exhiben su oferta académica para posgrados, además, se realizan actividades no académicas de esparcimiento para los socios.